菅山寺原名龙山大明寺。当时是法相宗的寺庙，后来成为真言宗丰山派的成员。菅原道真出生于淀湖附近的川并村，从 6 岁到 11 岁一直在这座寺庙学习。889 年，该寺恢复了三座寺庙和 49 名僧侣，并以菅原道真公的名字之一 "大见三菅山寺 "更名为 "大见三菅山寺"。道真再次为该寺带来了繁荣。从藤原时代到镰仓时代，该寺都是最繁荣的寺庙之一。根据高福寺的古籍记载，该寺规模宏大，有 105 间僧舍和 70 多个分寺。寺庙门前的大树据说是道真种下的榉树，现在仍屹立在寺庙门前，被指定为滋贺县天然纪念物。德川家康下令将 7000 多卷宋版佛经捐赠给芝的藏经寺，现被指定为国家重要文化遗产。虽然该寺目前没有住持，但菅山寺的珍宝仍在寺庙山脚下的里坊小禅馆展出。