小谷寺位於小谷山腳下，是淺井家族的祈禱寺廟。據說大日如來和三姐妹經常來此參拜。寺廟在小谷城陷落時被燒毀，只剩下主像，後由豐臣秀吉重建。如意輪觀音像和兩界曼荼羅是長濱市指定的文化遺產。每年 11 月，這裡都會舉行名為 "本尊五日町 "的活動。更多信息，請訪問 Kotanidera 網站。