菅山寺原名龍山大明寺。當時是法相宗的寺廟，後來成為真言宗豐山派的成員。菅原道真出生於淀湖附近的川並村，從 6 歲到 11 歲一直在這座寺廟學習。 889 年，該寺恢復了三座寺廟和 49 名僧侶，並以菅原道真公的名字之一 "大見三菅山寺 "更名為 "大見三菅山寺"。道真再次為該寺帶來了繁榮。從藤原時代到鎌倉時代，該寺都是最繁榮的寺廟之一。根據高福寺的古籍記載，該寺規模宏大，有 105 間僧舍和 70 多個分寺。寺廟門前的大樹據說是道真種下的櫸樹，現在仍屹立在寺廟門前，被指定為滋賀縣天然紀念物。德川家康下令將 7000 多卷宋版佛經捐贈給芝的藏經寺，現被指定為國家重要文化遺產。雖然該寺目前沒有住持，但菅山寺的珍寶仍在寺廟山腳下的里坊小禪館展出。