이이후부라 신사는 덴무 천황이 통치하던 시절에 현재의 위치에 안치되었습니다. 아네가와와 도도가타케의 전투에서 화재로 인해 거의 소실될 뻔했습니다. 게이초 7년에 고보리 신스케가 토지 조사를 실시했고, 쥬에이 2년에 요시나카 기소가 신사에 참배하면서 가부테이시가 남아있게 되었습니다. 무로마치 시대(1336~1573)부터 많은 무사들의 존경을 받았고, 아시카가 시대(1336~1573)부터는 지역 무사 가문에서 참배했습니다. 겐로쿠 10번지에는 산 중턱에 세 개의 신사가 있었는데, '진구'와 '가미가미야'라고 불렀습니다. 덴쇼 시대에는 아사쿠라 요시카게가 진을 쳤으나 오다 노부나가에게 공격당해 패배했습니다. 메이지 초기에는 '오우후라 텐노'로, 이후에는 '이후후라 신사'로 이름이 바뀌었습니다. 다이쇼 시대에 현립 신사로 승격되어 신사 사무소가 재건되었습니다.